Кто должен платить НДС, если заказчик не дождался выставления счета и оплатил услуги без НДС?

Добрый день!

В данном случае нужно исходить из того какая согласована стоимость услуг в Договоре, с учетом или без учета НДС.

Просто откуда заказчик взял стоимость, которую он оплатил?

Если буквально отвечать на Ваш вопрос, то оплата НДС это Ваша обязанность. Просто ценой услуг Вы ее компенсируете и отдельно выделяете из этой цены НДС в счет-фактуре, чтобы отразить саму стоимость работ и налог.

По этой причине отражают в договоре например — Стоимость 1 кв/м 100 рублей, в.т.ч. НДС 20 %. Получается, что в стоимость 1 кв/м заложены 80 рублей работы +20 рублей НДС.