Имеет ли право работодатель на вычитание из зарплаты подоходного налога?

Светлана, здравствуйте!

В соответствии с п. 1 ст. 207 НК РФ плательщиками НДФЛ признаются физические лица, являющиеся налоговыми резидентами РФ, а также физические лица, получающие доходы от источников в РФ, не являющиеся налоговыми резидентами РФ.

На основании ст. 209 НК РФ объектом обложения по НДФЛ признается доход, полученный налогоплательщиками:
1) от источников в РФ и (или) от источников за пределами РФ — для физических лиц, являющихся налоговыми резидентами РФ;
2) от источников в РФ — для физических лиц, не являющихся налоговыми резидентами РФ.
Как следует из вопроса, индивидуальный предприниматель (ИП) выплачивает работникам доход в виде заработной платы, в связи с чем у работников возникает доход от источника в РФ (пп. 6 п. 1 ст. 208 НК РФ) и, соответственно, объект обложения НДФЛ.ИП, выплачивающий физическим лицам заработную плату, признается налоговым агентом и обязан исчислить, удержать и уплатить в бюджет НДФЛ с таких доходов (п.п. 1, 2 ст. 226, п. 1 ст. 24 НК РФ).

http://www.garant.ru/consult/b...

Т.е. он, являясь налоговым агентом, обязан исчислить, удержать, и уплатить НДФЛ (именно с Вашего дохода) в бюджет.   Если это не сделает, то будет привлечен к ответственности. Как можете заметить, что указанное  прописано в налоговом кодексе РФ. 

С уважением, юрист Дмитрий.